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„Baltistik“ ist eine der mind-Wissenschaften und beinhaltet die Beschäftigung mit den Sprachen und Literaturen der Letten, Litauer und Altpreußen. Die Baltistik ist heute mehr und mehr eine Wissenschaft vom gesamten Baltikum und allen dort lebenden Menschen, ihren vielfältigen Sprachen und Subkulturen sowie ihrer sozialen und kulturellen Verflechtung mit den Nachbarregionen. Die Universität Greifswald hat 2005 die Kulturen des Ostseeraums zu einem ihrer Forschungsschwerpunkte bestimmt.

Dementsprechend sind Forschung und Lehre am Institut für Baltistik vornehmlich gegenwartsbezogen-modern ausgerichtet. „Modern“ bezieht sich hierbei auf den Zeitraum vom 19. bis zum 21. Jahrhundert und bedeutet, dass in disziplinärer Hinsicht synchrone und analytische Zugänge bevorzugt werden. Das Portfolio des Instituts für Baltistik umfasst dabei ein breites Spektrum: Sprachkurse für Lettisch und Litauisch, literarisches Übersetzen, Texteditionen, sozial-empirische Erhebungen, Konferenzen zu Sprachpolitik und Grammatik, Metaphernforschung, klassische Literaturanalysen, kulturgeschichtliche Untersuchungen und kulturelle Veranstaltungen.

Enge Verbindungen bestehen mit den linguistischen Lehrstühlen der Fennistik und Slawistik sowie mit dem Lehrstuhl für Osteuropäische Geschichte. Der Lehrstuhl für Baltistik ist zudem am Internationalen DFG-Graduiertenkolleg „Baltic Borderlands: Shifting Boundaries of Mind and Culture in the Borderlands of the Baltic Sea Region“ beteiligt.